Film, İsa’nın ilk yıllarını, apokrif bir metin olan Thomas’ın Çocukluk İncili’nden esinlenerek anlatıyor. Marangozun Oğlu, Roma dönemi Mısır’ında yaşayan bir ailenin hikâyesine odaklanıyor: Marangoz olarak bilinen bir baba, karısı Anne ve yalnızca “Oğlan” olarak anılan oğulları. Aile, Oğlan’ın sahip olduğu olağanüstü güçler ve kadere dair tam bir anlayışa sahip olmadan, gizlice ve tehdit altında yaşamaktadır. Oğlan, beklenmedik bir şekilde ortaya çıkan gizemli bir çocuk yüzünden, hem ebeveynlerine hem de koruyucusuna karşı şüphe duymaya başlar; bu durum onun sadakati ve güven duygusunu sınayan bir yolculuğu başlatır.